按照功能不同酶標分析儀可以分為光吸收酶標儀，熒光酶標儀，化學發(fā)光酶標儀和多功能的酶標儀。
1.光吸收酶標儀
光吸收酶標儀是用來進行可見光與紫外光吸光度的檢測。特定波長的光通過微孔板中的樣品后，光能量被吸收，而被吸收的光能量與樣品的濃度呈一定的比例關系，由此可以用來定性和定量的檢測。光吸收的檢測技術成熟，成本低，操作簡單，但是動態(tài)范圍窄，靈敏度比較低，特異性不強。一般可見光和紫外光分別采用鎢燈及氘燈作為光源，而紫外/可見酶標儀是可以將兩種光源進行切換，適應不同測量波長的需求。
2. 熒光酶標儀
熒光酶標儀是用來進行熒光的檢測。通過激發(fā)光柵分光后的特定波長的光照射到被熒光物質標定的樣品上后，會發(fā)出波長更長的發(fā)射光，通過發(fā)射光柵后到達檢測器。熒光的強度與樣品的濃度呈一定的比例。熒光檢測靈敏度高，可實時檢測，使用方便，檢測模式多樣，但是容易受外界干擾，激發(fā)光與發(fā)射光容易互相影響，干擾檢測。
3. 化學發(fā)光酶標儀
化學發(fā)光酶標儀是來自生物化學反應中的自發(fā)光，可分為輝光型和閃光型兩種類型。輝光型發(fā)光持久，穩(wěn)定，能持續(xù)一段時間;閃光型發(fā)光時間短，變化快，穩(wěn)定性不強，需要應用自動加樣器才可以進行。化學發(fā)光酶標儀靈敏度非常高，動力學范圍廣。
4. 多功能酶標儀
多功能酶標儀是以上三種酶標儀的集合，集成了兩種或者三種酶標儀于一體，可以同時進行光吸收，熒光和化學發(fā)光的檢測，功能強大，使用范圍廣，可作為研究平臺，避免了重復購買。
按照濾光方式的不同酶標儀可分為濾光片式酶標儀和光柵式酶標儀。
1.濾光片式酶標儀
濾光片式酶標儀采用濾光片來進行波長的選擇，光源發(fā)出的全波譜光經過濾光片后，大部分被過濾，只剩下濾光片本身允許的波長通過，因此只能截取特定波長進行檢測。
2. 光柵式酶標儀
光柵式酶標儀采用光柵進行分光，光源發(fā)出的全波譜光線經過光柵后，通過光柵上面分布的一系列狹縫的分光，就可以獲得任意波長的光，波長連續(xù)可調。光柵式酶標儀使用方便靈活，可選擇任意波長的光，也能進行全波長的掃描，通過全波長掃描可以獲得未知樣品的吸收峰，從而可以達到檢測未知樣品的目的。
